彼は昔、就職活動をしていたある日、

偶然出会った怪人から子供を救ったことをきっかけに、小さい頃からの夢であったヒーローを目指すことにする。

3年間の特訓を積んだ彼は、どんな敵も一撃で倒してしまう無敵の強さを手に入れていた！

しかし、その強さのために、いつもワンパンチで敵との決着がついてしまう。

歯ごたえのない悪人たちとの戦いを繰り返すうち、サイタマは次第に自らの圧倒的な力に対して物足りなさを感じるようになっていた。

蚊の群れを操っていたのは『進化の家』という謎の組織によって生み出された

『怪人モスキート娘』だった。

街中の人間の血を吸い尽くそうとするモスキート娘を止めようと、一人の男が現れる。

彼の名はジェノス。自らの身体を機械に変えて悪と戦う正義のサイボーグだ！

モスキート娘との激しい戦いで絶体絶命のピンチに陥ったジェノスは、たまたまそのこに居合わせたサイタマに命を救われるのだった。

数日後、命の恩人であるサイタマを訪ねたジェノスは、彼に弟子入りを志願する。

そのとき、サイタマたちにモスキート娘を生み出した『進化の家』の刺客が襲い掛かる！

彼がサイタマに刺客を送ったのは、

自分がしている人類の人工的進化の研究のために『モスキート娘』をあっさり倒したサイタマの強靭な肉体のデータを研究に利用するためだった。

進化の家』の刺客を返り討ちにしたサイタマとジェノスは、

刺客の一人である『ア―マードゴリラ』に『進化の家』の秘密基地の場所を聞き出し『進化の家』へと向かう。

アーマードゴリラの通信によってそれを知ったジーナス博士は、二人を迎え撃つために進化の家の最終兵器を解き放とうとしていた。

それは凶暴すぎるあまりに、ジーナス自身でさえコントロール不能な史上最凶の悪魔、『阿修羅カブト』だった。

『桃源団』の団員は全員がサイタマと同じ髪型であるスキンヘッドという異形の一団だ！

そんなスキンヘッド軍団を率いるのは、

バトルスーツに身を包んだ大男『ハンマーヘッド』

彼は「断固働きたくない！」という、自らの思想に共鳴する若者たちと共に、

街で大暴れをして、暴れて欲しくなかったら、

『働かない者は、働きたい者に養ってもらえる世界を作れ！』

と、国に要求をしていた。

見せしめとして町一番の富豪であるゼニールの豪邸を破壊しようとする『桃源団』

そんな彼らの前に、ゼニールに雇われた用心棒の忍者『音速のソニック』が立ち塞がる。

一方、桃源団の存在をニュースで知り、髪型がかぶっているせいで自分もその一味だと思われることを心配したサイタマは、桃源団を潰すために、彼らの元へと向かう。

音速のソニック一人に仲間を全て倒されてしまった『ハンマーヘッド』は、逃げている途中、サイタマに出会い、サイタマに戦いを挑むが負ける。

昔自分が使った両手を振り回すだけで大した攻撃力のない『ぐるぐるアタック！』という技を使う『ハンマーヘッド』を見て、

自分と似ていると親近感を覚えたサイタマは、

ハンマーヘッドを見逃す。

そこへ『音速のソニック』がサイタマを『桃源団』の一員と間違えて、攻撃をしてくる。

自分がヒーローであることをサイタマはソニックに言うが「お前など知らん」と、ソニックに言われてしまい。

サイタマとソニックは戦うことになる。

ソニックと戦った後、家に帰ったサイタマは、ジェノスに自分がたくさんの悪人を倒してきたのに、自分が人々に知られていないことを相談し、

ジェノスから『ヒーロー名簿』に登録したらどうかと、言われる。

『ヒーロー名簿』に登録をすることになったサイタマは、ジェノスに弟子にしてあげるから、一緒に行こうと話を持ちかけ、

サイタマに弟子にしてもらいたいジェノスは、サイタマと一緒に『ヒーロー名簿』に登録をしにいくことにする。

自らの知名度の低さを思い知らされたサイタマは『ヒーロー名簿』に登録をし、プロのヒーローとして公式に活動していく決心をする。

ジェノスと共にヒーロー名簿に登録する資格をもらうための認定試験会場に行ったサイタマは、

体力測定で次々と新記録を打ち立てるが、筆記試験でボロクソな成績を出し、

ギリギリの点数でヒーロー名簿に登録をする資格をもらう。

試験で出した点数が低かったため、サイタマはヒーロー階級の最低のランクであるC級ヒーローとして新たなスタートを切ることとなる。

サイタマの体力試験の結果を知ったＡ級ヒーローはサイタマを喧嘩で負かして、

ヒーローとして自分の方が偉いのだとサイタマに思い知らせようとするのだが返り討ちにあう。

一方ジェノスは体力、筆記試験共に、満点の点数を出し。これまでの悪との戦いの実績も考慮されいきなりS級ヒーローとなる。

そして、これを機に正式にサイタマに弟子入りしたジェノスは、サイタマに本気の手合わせを申し込む！

手合わせを終えた二人は夕飯を食べにうどん屋さんへいくことにする。

そこへ、ジェノスを訪ねてＡ級ヒーロー一位である『アマイマスク』がやって来る。

特にやることもなく自宅でゴロゴロしていたサイタマは、ジェノスから衝撃的な事実を知らされる。

C級ヒーローには週に1度の活動報告ノルマがあり、それをこなせなければヒーローをクビになってしまうというのだ。

あわてて街へと繰り出し、悪人や事件を探すサイタマだったが、

そう都合よく悪人や事件が現れるわけもなく、刻一刻と期限が迫っていた。

焦るサイタマの前に、彼をライバル視する『音速のソニック』が突然現れ、勝負を挑んでくる。

自分と戦えとうるさくつきまとうソニックに苛立つサイタマだったが、

ソニックがヒーローであるサイタマと戦うために、街の建物や街の住人に危害をくわえ始めたのを見て、

ソニックを悪人として退治をし、なんとかＣ級ヒーローの座にとどまる。

そんなギリギリのヒーローのサイタマが住むＺ市には、

『怪人が他の街よりも多く出現する』という特徴があり、

その秘密を探るべくヒーロー協会が二人のＡ級ヒーローに偵察を頼んでいた。

ヒーローたちはそこで、強い怪人と戦うことになるのだが！？

宇宙から飛来した巨大な隕石が、Z市に向かって突如落下を始めたのだ！

ヒーロー協会はS級ヒーロー達に助けを求めたものの、隕石が相手でＳ級ヒーローたちもどうしようもなく、

もはや、Ｚ市は隕石によって押しつぶされ消滅してしまう。と、Ｚ市の住人達の誰もが諦めかけていた。

ヒーロー協会から招集を受けたジェノスはZ市のヒーロー協会支部に出向くが、職員は既に避難した後で、ビルはもぬけの殻だった。

居合わせたS級ヒーローの『シルバーファング』から、

このまま隕石が地上に激突すればZ市は壊滅すると聞かされるたジェノスは、

恩師であるサイタマの住む街を守るためにたった一人、己の全てを賭して巨大隕石に立ち向かう。

しかし、ジェノスの全てをかけても、巨大隕石を破壊することは出来なかった。

諦めかけたジェノスの前に、白いマントをはためかせ、サイタマが登場し、隕石を破壊する。

隕石は破壊され、当初、街は全滅かとおもわれていたのに、

死者がでなかったという奇跡的な終わりとなったこの事件だったが、

破壊された隕石の欠片が街に降り注いだことによって、街の建物などは、壊滅的な被害を受けていた。

そして、隕石を破壊した一番の功労者（一番活躍をした人、一番役にたった人）なのにも関わらず、

サイタマが隕石を破壊したとは誰も信じず、それどころか、

サイタマが他のヒーローたちの仕事を邪魔したから隕石の破片が飛び散り、被害が出たのだと、サイタマの悪口を言う住人たちが存在していた。

良いことをしたにも関わらず、守った住人たちから隕石の被害の責任をとって辞めろと言われるサイタマ。

彼は自分を責める住人たちに対し、どうするのか！？

地上を自分たちのものにしようと侵攻を始める。

A級ヒーローのスティンガーが激闘の末に彼らを殲滅するが、スティンガーは、遅れて現れた『深海族』の王『深海王』に一撃でやられてしまう。

J市が海人族によって襲われていることを知ったサイタマとジェノスは急いでJ市に向かうが、深海王をなかなか見つけることができず、

二人はそれぞれバラバラに深海王を探すことにする。

街に住む人々を探す深海王をＡ級『ヒーロー稲妻マックス』や、

囚人服に身を包んだちょっと訳ありのＳ級ヒーロー『ぷりぷりプリズナー』、

プリズナーが刑務所から脱獄するとき便乗して脱獄した『音速のソニック』が止めようとするが、

深海王の圧倒的な強さの前に敗北してしまい、深海王はJ市の逃げ遅れた住民たちが避難をしている避難シェルターに向かい住民たちを発見する。

避難シェルターを深海王から守るために、

ヒーローたちがなんとか応戦しようとするが、秒殺され、もうだめだと市民たちがあきらめかけたとき、ジェノスが避難シェルターに到着する。

一方、C級ヒーローの無免ライダーとひょんなところで合流をしたサイタマは無免ライダーの自転車に相乗りをさせてもらって現場を目指していた。

深海王と互角の戦いを繰り広げるジェノスの姿に避難所に隠れていたJ市の人々は希望を見出し、色めき立つが、
ジェノスは子供を庇って深海王の吐き出した溶解液を被り、瀕死の重傷を負って自滅。

形勢は一気に悪化してしまう。

無情にもジェノスにトドメを刺そうとする深海王だったが、そこへもう一人のヒーローが現れる。

だがそれは無免ライダーだった。

C級ヒーローである無免ライダーと深海王とではあまりに実力差があり人々は落胆する。

しかしそれでも無免ライダーは果敢に深海王に立ち向かっていく。

自分たちを守るために、命をかけて戦う無免ライダーの姿に心を打たれた住民たちは無免ライダーを応援するが、
その応援も虚しく、無免ライダーは深海王にあっさりと敗北してしまう。

今度こそもうだめだとＪ市の住民たちが諦めかけたそのとき、
白いマントをはためかせ、ヒーローらしくないヒーローサイタマが現れた！

仲間であるジェノスと無免ライダーをぼこぼこにされたことで怒ったサイタマは深海王の口上を聞くのもそこそこに、
彼にかかってこいと戦いをけしかけ深海王を秒殺する。

やっとサイタマもヒーローとして、他人に評価をされるときがきたのだと思ったのも束の間、
一部の市民が深海王に倒された他のヒーローたちを『弱いのなら引っ込んでいろ』などと、
貶めるような発言を耳にしたサイタマは自分の手がらを他のヒーローたちのおかげでとれたように言い、
更に、自分が手柄を一人占めにしたのだと悪者役をかってでてしまう。

そのせいで、サイタマは更にインチキと卑怯者呼ばわりされるようになってしまう。

しかし、サイタマの功績は認められ、
サイタマはＣ級ヒーローから、Ｂ級ヒーローに昇格することができた。

Ｂ級ヒーローに昇格したサイタマは帰り道に無免ライダーと出会い、彼に昇格祝いとしておでんをおごってもらう。

たまたまシルバーファングの道場を訪れていたサイタマとジェノスは、シルバーファングと一緒に、A市にあるヒーロー協会本部へと向かう。

ヒーロー協会本部の会議室には、外見からでも分かるくらい個性的な特徴を見せるS級ヒーローたちが集結していた。

そんな彼らの前でヒーロー協会の幹部シッチが重い口を開く。

100％的中するという予言者のシババワが、半年以内に「地球がヤバい」事態に陥るという予言を遺して亡くなってしまったのだ。

会議室に緊張が漂う中、不意に本部ビルが轟音と共に揺れる。

それは、深海族と同じように地上の征服を狙う天空族の天空王の攻撃によるものだった。

ヒーローたちを倒し、地上を征服するのに邪魔な存在を消してしまおうと考える天空族たちだったが、

そんな彼らを天空の更に上空から来襲した謎の怪人の手によって全滅させられてしまう！

天空族たちを羽虫のように倒したその謎の襲来者はA市に向かって、光の雨を降り注ぐ！

謎の襲来者の攻撃を喰らい、ヒーロー本部のビル内は暗闇に包まれてしまう。

非常用電源に切り替わり灯りを取り戻した会議室で彼らを待ち受けていたのは、

今の一瞬でA市がほぼ壊滅したという事実であった。

いち早く会ビルを飛び出したサイタマは、

一人、宇宙からやってきた謎の襲来者たちが乗って来た宇宙船へと殴り込みに行く！

一方で、天空族を倒した怪人たちに対峙するヒーローや、宇宙人の戦艦をどうにかしようとヒーローたちは集まっていた。

A級ヒーローのイアイアンを一蹴した宇宙人の戦闘員『メルザルガルド』

アトミック侍、金属バット、シルバーファング、ぷりぷりプリズナーらS級ヒーローが応戦するも、

攻撃を受けるそばから肉体が再生するメルザルガルドには、致命的なダメージを与えられず戦いは難航していた。

一方、巨大宇宙船の内部に単独で進入したサイタマは、

敵をなぎ倒し船内を破壊しながら中枢部を目指していた。

宇宙船を破壊し、好き勝手に暴れるサイタマを始末したいながらも、

サイタマの圧倒的な力を見た『ゲリュガンシュプ』は状況を打開するため、

地上に出ているメルザルガルドに宇宙船に戻ってくるように指令を出す。

しかし、Ｓ級ヒーローたちに囲まれ、戦っているメルザルがルドは、船に戻ることができない。

宇宙船に侵入したサイタマを倒すために、

メルザルガルドとゲリュガンシュブは自分たちの邪魔をするＳ級ヒーローを全員片付けてしまおうと、

Ａ市を壊滅状態にした攻撃を再びしようとする。

しかし、宇宙船による砲弾の攻撃は、

Ｓ級ヒーロー戦慄のタツマキによって止められ、

更に、砲弾を念動力によって打ち返され、メルザルガルドたちの目論見は失敗に終わる。

そして、ゲリュガンシュブを倒したサイタマは、その頃、彼らのボスであるボロスの元へ向かっていた。

地上にいるヒーローたちとメルザルガルドの戦いにも決着が見えはじめ、

宇宙人とヒーローたちの戦いはいよいよクライマックスを迎える！

更にＡ市の街の残骸を砲弾代わりに宇宙船を攻撃する戦慄のタツマキ。

強敵メルザルガルドの弱点を暴いたアトミック侍達は、メルザルガルドを倒す。

地上に敵はいなくなり、残るは宇宙船と宇宙船の中にいる、

宇宙人たちのリーダー暗黒盗賊団『ダークマター』の頭目ボロスのみ！

単身宇宙船へ侵入していたサイタマは、とうとうボロスと出会う。

ボロスが地球に来た理由、それは、

強すぎる自分と対等に戦える相手はどこにいるのかと占い師に占わせ、

『地球に自分と対等に戦えるものがいる』という情報を聞きだしたからだった！

ボロスと同じく、自分と対等に戦える相手を求めてきたサイタマ。

しかし、ボロスの力は、サイタマに少しの本気をださせる程度ほどしかなかった。

強すぎる自分の力に虚しさを覚えながらも、サイタマはヒーローとしての日常を繰り返すのだった。